Add files via upload

Author: zuoxinian

Diff for: README_CN.md

@@ -0,0 +1,90 @@
+---
+title: CCS的安装及使用
+updated: 2021-11-07 03:05:09Z
+created: 2021-11-06 02:25:00Z
+latitude: 39.92850000
+longitude: 116.38500000
+altitude: 0.0000
+---
+
+# **CCS的安装及使用**
+
+## 1.运行平台
+目前CCS的数据预处理支持在Linux和Mac OX两个平台上运行，同时CCS的计算及运行需要下列运行平台
+* Matlab R2007a及以上版本
+* Python 3.0以上版本，建议安装Anaconda工具包 https://www.anaconda.com/products/individual#Downloads
+
+## 2.预装软件
+安装CCS前需将其运行所需的配套软件进行安装：
+* AFNI https://afni.nimh.nih.gov/pub/dist/doc/htmldoc/background_install/main_toc.html
+* FreeSurfer https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/
+* FSL  https://fsl.fmrib.ox.ac.uk/fsl/fslwiki/FslInstallation
+* SPM12 https://www.fil.ion.ucl.ac.uk/spm/
+* CAT12 http://www.neuro.uni-jena.de/cat/index.html#DOWNLOAD
+* 安装docker及Deepbet https://github.com/HumanBrainED/NHP-BrainExtraction
+
+## 3.安装和配置CCS系统
+在将CCS_APP文件夹下载至指定位置后，需要对系统环境变量进行配置，将CCS_APP的路径写入环境变量中。通常在Linux或Mac OX系统中存储环境变量的文件为bashrc或bash_profile，请安装者首先确定在自己的系统中所使用的环境变量文件名称。下面以bashrc为例，在命令行中运行下列命令即可完成环境变量的配置：
+```bash
+echo "export CCS_APP=/dir-to-your-CCS_APP/CCS_APP/" >> ~/.bashrc
+```
+
+在添加CCS_APP路径过后，可以检查CCS_APP是否成功写入环境变量：
+```bash
+echo $CCS_APP
+```
+如屏幕中显示了您CCS_APP所在的目录即表示CCS环境变量配置成功。
+
+## 4.数据预处理
+在按照上述步骤成功安装CCS及相应的影响处理软件后，即可开始将数据进行预处理。
+
+### 4.1 原始数据的整理
+在获得原始的dicom数据后，需要将其压缩并转换成BIDS格式。具体的转换方法可参照BIDS格式的官网：https://bids.neuroimaging.io/ 。目前已有多种自动化的工具可将将原始的dicom数据转换成BIDS格式，如[dcm2bids](https://unfmontreal.github.io/Dcm2Bids/) 。
+
+### 4.2 数据转换
+在将原始数据整理成BIDS格式后，CCS会根据BIDS的格式生成用于数据处理的文件夹。通常我们以CCS来命名该文件夹，并将其同原始的BIDS数据存放于同一文件夹下。运行ccs_pre_bidsccs.py命令可完成上述操作。
+```bash
+BIDS_DIR=/your_project_dir/BIDS
+CCS_DIR=/your_project_dir/CCS
+python $CCS_APP/ccs_pre_bids2ccs.py --BIDS_DIR $BIDS_DIR --CCS_DIR $CCS_DIR
+```
+
+### 4.3 结构像预处理
+在开始结构像预处理前，首先需要对CCS的工作路径，FreeSurfer的存储路径及需要处理的被试编号进行定义，如需要处理001号被试的数据：
+```bash
+CCS_DIR=/your_project_dir/CCS
+SUBJECTS_DIR=/your_project_dir/FreeSurfer
+subject=/your_project_dir/CCS/001
+```
+
+首先，进行结构像前处理，包括图像降噪、颅骨剥离等步骤。
+```bash
+$CCS_APP/ccs_anat_01_pre_freesurfer.sh $CCS_DIR $SUBJECTS_DIR $subject
+
+```
+完成上述步骤后，需对颅骨剥离效果进行检查，以确定是否继续进行下一步数据处理。
+CCS结构像预处理的后两步分别为皮层重建流水线和结构像配准流水线，在进行这两部预处理时需要先后输下列命令：
+```bash
+$CCS_APP/ccs_anat_02_freesurfer.sh $CCS_DIR $SUBJECTS_DIR $subject
+$CCS_APP/ccs_anat_03_postfs.sh $CCS_DIR $SUBJECTS_DIR $subject
+```
+
+### 4.4 静息态功能像预处理
+功能像预处理首先需要对CCS_APP目录下的template_preproc_funcpart.sh文件进行修改，填入功能像对应的参数：
+- CCS_DIR  （/your_project_dir/CCS）
+- SUBJECTS_DIR （/your_project_dir/FreeSurfer）
+- rest_dir_name (default:rest)
+- rest_name (default:rest)
+-  TR (default 2s)
+-  numDropping (Dropping first 10s of rest data. default:5 )
+- sliceOrder (Tpattern: see helps from AFNI command 3dTshift, default: alt+z, if the sequece is multi-band:mbd)
+- FWHM (default: 6)
+
+在对上述template内容修改完成后，即可运行下列命令开始功能图像的预处理。
+```bash
+CCS_DIR=/your_project_dir/CCS
+subject=001
+mkdir -p $CCS_DIR/$subject/scripts/
+sed "s/CCSsubjectname/$subject/" $CCS_APP/template_preproc_funcpart.sh > $CCS_DIR/$subject/scripts/ccs_preproc_funcpart.sh
+$CCS_DIR/$subject/scripts/ccs_preproc_funcpart.sh
+```