iNaturalist Tree Generator

Генератор таксономических деревьев пользователя iNaturalist с визуализацией в draw.io

📋 Описание

Проект позволяет:

• Собирать данные о ваших наблюдениях с iNaturalist.
• Строить иерархическое дерево таксонов на основе ваших наблюдений.
• Генерировать интерактивную визуализацию в формате draw.io.
• Автоматически добавлять фотографии видов для улучшения визуализации.

⚙️ Установка

1. Клонируйте репозиторий:

   git clone https://github.com/ваш-репозиторий/inaturalist-tree-generator.git
   cd inaturalist-tree-generator

2. Создайте и активируйте виртуальное окружение:

   python3 -m venv venv
   source venv/bin/activate  # Linux/macOS
   # venv\Scripts\activate  # Windows (PowerShell)
   # venv\Scripts\activate.bat # Windows (CMD)

3. Установите зависимости:

   pip install -r requirements.txt

4. Настройка: Перед использованием откройте data_collection.py и отредактируйте следующие переменные:

   username = 'merrcurys'  # Ваш username на iNaturalist

🚀 Использование

1. Запустите главное меню:

   python main.py

2. Доступные опции в меню:

   • Собрать данные: Получает информацию о наблюдениях с iNaturalist и сохраняет её локально.
   • Сгенерировать визуализацию: Создает файл taxon_tree.drawio на основе собранных данных, готовый для открытия и редактирования в draw.io.
   • Полный цикл: Выполняет сбор данных и генерацию визуализации в один шаг.
   • Очистить фото: Удаляет все фотографии, загруженные в папку input/photos. Полезно для экономии места или при повторных запусках с разными таксонами.
   • Выход: Завершает работу программы.

3. После генерации откройте output/taxon_tree.drawio в draw.io и используйте:

   • Arrange → Layout → Vertical Tree для автоматической организации дерева. Затем Arrange → Layout → Organic -> 300. Вы также можете настроить макет вручную.
   • Некоторые связи будут заезжать друг на друга, их придется рассправить вручную.

📁 Структура проекта

.
├── data_collection.py    # Парсер данных iNaturalist
├── drawio_generator.py   # Генератор XML для draw.io
├── main.py               # Интерактивное меню
├── Node.py               # Класс узла дерева
├── input/
│   ├── nodes.pkl         # Кэш таксономических данных
│   └── photos/           # Локальная база фотографий
└── output/               # Готовые файлы визуализации

⚠️ Возможные проблемы и решения

• Проблемы с доступом / сетевые ошибки:

  • Убедитесь, что у вас есть активное интернет-соединение.
  • Убедитесь, что вы правильно указали свой username iNaturalist в файле data_collection.py.
  • API iNaturalist имеет лимит запросов (100 запросов в минуту). Если вы запрашиваете очень большое количество наблюдений, процесс может занять больше времени.

• Большие наборы данных:

  • Обработка большого количества наблюдений и таксонов может занять несколько минут. Будьте терпеливы.

Разработано с ❤️ для сообщества iNaturalist и бердвотчеров!